Benoît Peeters nació en 1956 París, aunque pasó la mayor parte de su infancia en Bélgica, donde coincidiría durante tres años en la escuela con François Schuiten. Después de licenciarse en filosofía en la Sorbona (Universidad de París), y de obtener su diploma en la École Pratique des Hauts Études, escribe su primera novela Omnibus (1976), y poco después decide dedicarse a la escritura, multiplicando también sus trabajos como guionista, editor, crítico o comisario de exposiciones.
Entre su obra historietistica destacan sus guiones para la serie Les Cités osbcures (Las Ciudades oscuras) con el dibujante François Schuiten, de la que han aparecido ya una docena de albumes de historietas y otros tantos productos de todo tipo, desde libros ilustrados, pasando por falsos documentales en DVD, CD de audio o guias de viajes del mundo donde se desarrolla esta serie.
También ha realizado trabajos con otros dibujantes, destacando varios álbumes con Frédéric Boilet, con quien ha realizado Love Hotel (1993), Tokyo est mon jardin (1997) y Demi-tour (1997), dos libros con la dibujante francesa Anne Baltus, Dolores (Casterman, 1991) co-guionizado con François Schuiten y Calypso (Casterman, 1995), y otros dos libros con el dibujante belga Alain Goffin, Le Théorème de Morcom (Les Humanoïdes Associés, 1992) y Plagiat! (Les Humanoïdes Associés, 1989), este ultimo también co-guionizado con Schuiten.
Entre sus trabajos teóricos destacan sus obras como experto en el mundo de Tintin, como Le monde d'Hergé (Casterman, 1983), Hergé, fils de Tintin (Flammarion)o Lire Tintin - les bijoux ravis (Les Impressions Nouvelles), pero también otras como Lire la bande dessinnée (1998).
Ha realizado también varios cortos y documentales (como Le Dossier B (2008), con Schuiten), así como el largometraje Le dernier plan (1999). Es autor de varios libros de fotografía, junto a Marie-Françoise Plissart, y ha dirigido multitud de exposiciones, varias de ellas dedicadas a Hergé.
Fué editor de la revista BANG! (Casterman, 2003), y dirige desde 1985 el sello editorial Les Impressions Nouvelles, del que es ademas fundador y propietario junto con Marc Avelot y Jan Baetens.